Základní jednotkou je sbor, který tvoří jeho členové – evangelíci. V čele je předsednictvo, které tvoří sborový farář a neordinovaný sborový dozorce. Nejvyšším orgánem sboru je konvent, který tvoří plnoletí členové sboru. V období mezi zasedáním konventu, řídí sbor sborové presbyterstvo tvořeno sborovým farářem, sborovým dozorcem, kurátorem a voleními presbyteři. Nejvyšším orgánem ECAV v ČR je Synod. Synod tvoří: superintendent, starší konzistor, členové předsednictva sborů a zvolení delegáti sborů. Předsednictvo církve tvoří superintendent a starší konzistor. Sídlem ústředních orgánů ECAV v ČR je hlavní město České republiky – Praha.

Církev nemá vlastní teologickou školu. Její studenti však zpravidla studují na Evangelické bohoslovecké fakultě Univerzity Komenského v Bratislavě a na Evangelické teologické fakultě Univerzity Karlovy v Praze.

ECAV v ČR je řádnou členkou Ekumenické rady církví v České republice a úzce spolupracuje s ostatními sesterskými luterskými církvemi v Evropě i v zámoří.

ECAV v ČR vydává svůj časopis EVANGELICUS.